Arija es desde la Alta Edad Media un lugar del antiguo Alfoz de Santa Gadea. En el siglo XIX se ve beneficiada por la industralización de la comarca de Campoo, teniendo su culminación en la llegada del Ferrocarril (Bilbao - la Robla) y la instalación de la Fábrica de Cristalería Española, en 1906. Durante el primer tercio del siglo XX el pueblo crece rápidamente, llegando a tener casi 4.000 habitantes antes de la Guerra Civil. El Barrio de Vilga, en torno a la fábrica, se convierte en el núcleo más dinámico. Cristalería Española construye las casas para sus empleados, desde cómodos chalés de estilo francés para el personal directivo y técnicos cualificados, hasta sencillas casas para obreros. La bonanza económica anima a los Arijanos a segregarse de Alfoz de Santa Gadea y constituirse en Ayuntamiento en 1928. La Guerra Civil resulta especialmente cruenta en Arija, muy próxima al frente hasta 1937. Ya en los años cuarenta la concusión del Embalse del Ebro y el traslado de Cristalería Española a Avilés supusieron un traumático descenso de la población, que ha continuado hasta nuestros días.
El Colegio finalizado en 1871, lo mandó construir y financió Don León de Argüeso, natural de Arija. Emigró a Sanlúcar de Barrameda donde fundó unas bodegas en 1822. En su interior había aulas (con capacidad para 30-40 alumnos), dormitorios, salones y capilla. Sirvió como lugar de acuartelamiento en la guerra civil y como seminario después de 1940.
El Ayuntamiento fué construido por dos notables personajes naturales de Arija: el arzobispo de Burgos Don Manuel Gómez de Salazar y Lucio de Villegas, y su hermano Francisco que fue Obispo de León. Sus escudos en piedra se pueden ver en la fachada.
La iglesia actual, que data del siglo XVI, tiene tres naves y unas hermosas bóvedas de crucería. Presumiblemente su construcción supuso el abandono y la ruina de la antigua iglesia románica, cuyos restos se pueden ver aún en una casa del barrio de arriba.
En el barrio de Vilga las edificaciones más antiguas son de los primeros años de 1900. Abandonado y en ruinas todavía se puede adivinar la elegancia del "Palacio de la Dirección". Otras construcciones destacables son la "Enfermería" y el Garaje de CE (ambos en ladrillo), las naves de la fábrica y su depósito de agua, y numerosos chalés que siguen conservando un aire del norte de Francia, lugar de origen de la Compañía Saint-Gobain.
Escultura de Arsenio Brachotte: la súbita muerte del primer director de Cristalería Española en 1921, propició la construcción de un momumento en su memoria, financiado por suscripción popular. El conjunto, con el busto de Don Arsenio y la estatua del obrero cristalero es obra del prestigioso escultor Victorio Macho realizada en 1923.
Simbolismo de la bandera:
Verde. Simboliza la riqueza natural de los bosques.
Amarillo. Simboliza la arena del municipio.
Azul. Simboliza el agua, el río Ebro y su pantano.
Simbolismo del escudo:
Símbolo natural. Los bosques, representados por el tejo del monte Hijedo.
Símbolo histórico. Los dos hermanos hijos de Arija, que alcanzaron cargos de obispo y arzobispo en la carrera eclesiástica, representados con dos báculos episcopales..
Símbolo geográfico. El pantano del río Ebro, representado con un puente sobre ondas.